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明代早期軍隊的來源，有諸將原有之兵，即所謂從征，有元兵及群雄兵歸附的，有獲罪而謫發的，而最主要的來源則是籍選，亦即垛集軍，是由戶籍中抽丁而來。除此之外尚有簡拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以後又有強使民為軍的方式，不過都屬於少數，整體而言，衛所製仍然是最主要的軍制。衛所製為在全國各地軍事要地設立衛所駐軍，衛有軍隊五千六百人，其下依序有千戶所、百戶所、總旗及小旗等單位，各衛所都隸屬於五軍都督府，亦隸屬於兵部，有事從征調發，無事則還歸衛所。軍隊來源為世襲的軍戶，由每戶派一人為正丁至衛所當兵，軍人在衛所中輪流戊守以及屯田，屯田所得以供給軍隊及將官等所需。其目標在養兵而不耗國家財力，但明宣宗以後漸無法維持，軍人生活水準及社會地位日漸低下，逃兵也逐漸增加，軍備因此逐漸廢馳。
在嘉靖年間，應付倭寇之亂時，將領戚繼光在浙江地區採用招募民兵加以訓練的方式，來取代不堪的衛所兵。正因為明朝正規軍衛所軍的不堪用，故這些民兵，在明朝後期逐漸擔負起維持明朝有效統治的作戰部隊，而其中最為有名的就是戚繼光的召募以浙江人為主戚家軍，李如鬆的私人部隊遼東鐵騎，及袁崇煥所召募以遼東人為主的關寧鐵騎。