明朝的興起與元末信奉明教與白蓮教的紅巾軍息息相關，所以明太祖建立明朝後對宗教採取抑制和利用兼併的政策。他主要希望阻斷摩尼教、白蓮教與彌勒宗等宗教組織再度變成反朝廷的起事軍，並且希望利用佛教、道教等宗教的力量來維護社會秩序。結果，得到“皇糧”全面保障的佛教與道教演變成缺乏精神上的創新追求，亦脫離廣大信眾，民眾轉而尋求民間宗教作為慰藉。
明朝流行對不同宗教兼容並取傾向，民間宗教性信仰、習俗多樣而活躍。基本精神在信仰自由主義、保持國家政治世俗性質、維持社會穩定和國家對社會的控制。集中體現這些政策精神的仍是儒家政治社會理念並倚賴士大夫群體的努力。其變動因素和矛盾來源，則在諸教向國家政權機關的滲透、皇室特殊化行為、民間泛神論多元信仰傾向、部分士大夫的信仰綜合主義。在此期間，回族的形成與猶太教的消亡，表現出作為外因的社會環境與作為內在動力的宗教本土化、世俗化運動，對宗教發展有著至關重要的影響。
明朝中期以後，佛教受皇室宗教活動加強的刺激與儒家的矛盾尖銳起來。這種矛盾促使部分士大夫強烈反對寺院修建並發表闢佛言論。明朝政府對藏傳佛教政策與對漢傳佛教政策有同有異。其重要差異之一是，明朝對藏傳佛教政策與對西部邊疆政策緊密相關，而對漢地佛教政策則於周邊關係政策基本無關。此外，部分士大夫以藏傳佛教為“番教”，認同程度遜於內地佛教。明朝一些皇帝因喇嘛多擅長某些“法術”，對其有特殊興趣，並因而導致士大夫針對相關政策的批評。道教起源於本土民間信仰，在明代與儒家士大夫的衝突比較和緩。但明朝君主中信奉道教者多，既影響到國家政治，也影響到士大夫與君主的關係。士大夫在反復重申儒家原旨的同時，對道教的批評也日趨尖銳。民間宗教以最貼近下層百姓生活的組織形式和內容，滿足中下層民眾的宗教需求，甚至部分地滿足他們的政治要求和經濟要求。這是明朝中葉之後，民間宗教如火如荼發展起來的重要原因。明朝政府將民間宗教基本看作民俗，一般無干預，對視為“陋俗”者加以排斥，在涉及秘密社會活動時則嚴厲禁止。
明朝還是信仰伊斯蘭教諸民族、藏傳佛教黃教的形成和發展，以及天主教在中國傳播的重要時期。伊斯蘭教在社會生活中相對封閉，在明代政策中大體上表現為一個民族政策問題而不是一個宗教問題，基本與國家以及其他社會成分相安無事。明朝中期以後，天主教再度傳入中國，當時士大夫尋求改革，明朝對天主教大致寬容。