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明初還實行特務機構，主要包括錦衣衛、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內行廠。錦衣衛設立於洪武十五年，直接聽命於皇上，可以逮捕任何人，並進行不公開的審訊。但是朱元璋晚年逐步廢除了錦衣衛及其特權，還有一些比較殘酷的刑法。
在東廠設立後，錦衣衛權力受到削弱。東廠成立於永樂十八年，是明成祖為鎮壓政治上的反對力量而成立。地點位於京師東安門北。東廠的主要職責就是監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝匯報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，東廠可以直接逮捕、審訊；而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。東廠在設立之初，就由宦官擔任提督，後來通常以司禮監秉筆太監中位居第二、第三者擔任。西廠設立於憲宗時期，首領為汪直。 1482年後被廢。其後又被武宗短暫恢復。內廠設置於武宗時期，首領為宦官劉瑾，劉瑾伏誅後，內廠與西廠同時被廢除，僅留東廠。
正統款象牙質錦衣衛腰牌
