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公孤官包括三公與三孤，是名義上的諸臣之首，但這些官職都是虛銜，一般授予功勞相當大的大臣以示榮耀。三公為太師、太傅、太保，三孤則是輔弼他們的少師、少傅、少保，三公三孤是皇帝名義上的老師，負責輔弼天子。另外還有太子三師及太子三少，太子三師為太子太師、太子太傅、太子太保，太子三少為太子少師、太子少傅、太子少保，三師三少是太子名義上的老師，但實際上輔導太子的機構是詹事府。詹事府下設兩坊、一局、一廳。此外還有太醫院，專門負責皇室人員的健康和醫療。太醫院附屬有生藥庫和惠民藥局。翰林院作為政府的官方學術最高機構，地位相當重要，甚至在政府中都有相當大的影響力。翰林院首長是翰林大學士，此職位者經常會同時兼任內閣大臣。
諸司指不屬於各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司負責傳遞公文，公告周知。行人司負責到地方上頒詔諭及赴外國作使臣。
外三監包括國子監、欽天監、上林苑監。欽天監負責觀測星象。國子監是最高官方教育機構，也是全國官學的領導機構，有祭酒一人，司業一人，監丞一人，博士五人，助教十五人，學正十人，學錄七人，典簿一人，典籍一人，典饌兩人。上林苑監負責掌管皇帝的御花園，畜牧場與菜圃。
內十二監為宦官衙門。事實上只有在這些衙門工作的宦官才是太監。包括司禮監、內宮監、御用監、司設監、御馬監、神宮監、尚膳監、尚寶監、印綬監、直殿監、尚衣監、都知監。以司禮監最為重要，監內的提督太監主管宮內一切宦官禮儀刑名。而秉筆太監在宦官極端專權時竟代替皇帝批公文。此外宮內還設有四個司（惜薪、鐘鼓、寶鈔、混堂），八個局（兵仗、銀作、浣衣、巾帽、針工、內織染、酒醋面，司苑），合為內官廿四衙門。宮女也有六個局（尚宮、尚儀、尚服、尚食、尚寢、尚工），每個局下設四個司。